Der große Einschnitt in der Klostergeschichte wird durch den Brand von 1701 markiert. Er schädigte den alten Kirchenbau so stark, dass man einen Einsturz der Kirche befürchten musste.

Johann Michael Fischer wird 1725 mit einem Neubau beauftragt. Der Plan einer Renovierung des alten gotischen Kirchenbaus wurde als zu teuer verworfen. Von der alten gotischen Kirche bezog Fischer in seine Neubaupläne Teile des Presbyteriums sowie die noch älteren romanischen Reste der Türme auf der Westseite mit ein, die jedoch in der Basilika nicht sichtbar sind.

Nach seinem genialen Plan entstand bis 1728 der Rohbau samt Eindachung. Das Chronogramm, dass sich am Chorbogen befindet, verweist mit seiner Jahreszahl von 1731 auf den Abschluss der Stuckarbeiten.

Vor allem im Jahr 1732 wurde die Asambasilika mit den Fresken von Cosmas Damian verschönert, 1734/35 kamen die mittleren Altäre durch Egid Quirin Asam dazu.

Schließlich erfolgte am 25.9.1740 die Konsekration durch den Passauer Weihbischof Anton Josef Graf von Lamberg.