Johann Michael Fischer wurde am 18. Februar 1692 in Burglengenfeld in der südlichen Oberpfalz als Sohn eines Maurermeisters geboren. Die Ausbildung im Maurerfach war ihm also in die Wiege gelegt und für die Zeit damals selbstverständlich. Seine Lehrzeit verbrachte er in den Jahren 1706 bis 1709, wahrscheinlich bei seinem Vater, jedoch gibt es darüber keine Dokumente. In den Jahren seiner Wanderschaft als Geselle von 1710 bis 1715 wurde er von der Kirchenarchitektur der besuchten Orte stark beeinflusst. Vermutlich kam er über Waldsassen nach Eger, Prag, Olmütz und Brünn. Der Rückweg könnte ihn über Wien, Linz, Passau und Regensburg nach München geführt haben, wo er 1718 ankam.
1725 heiratete er die Tochter seines Meisters Johann Mayrs, Maria Regina. Seine ersten größeren Bauten begann er dann in Deggendorf an der Donau, Schärding am Inn und Niederalteich.
Ab 1726 war er mit dem Neubau der Abteikirche in Altenmarkt beschäftigt. Bereits 1728 war der Rohbau soweit fertig gestellt, dass er hier wieder abkömmlich war. Jedoch dauerte der Innenausbau durch die Brüder Asam bis über 1740, dem Jahr der Weihe hinaus.
Weitere Bauwerke Fischers sind die Kirche in Rinchnach, die Stiftskirche vom Marienmünster Dießen in Dießen am Ammersee, die Klosterkirche von Kloster Ottobeuren, die Anastasiakapelle der Klosterkirche von Kloster Benediktbeuern, die Klosterkirche von Kloster Altomünster und weitere bedeutende Bauten.
Am 6. Mai 1766 verstarb Johann Michael Fischer in München.